Húgyúti fertőzések olyankor alakulnak ki, amikor kórokozó mikrobák kerülnek az alsó vagy felső húgyúti szervekbe. Az alsó húgyúti fertőzések a leggyakoribbak, amelyek a húgycsőben és a húgyhólyagban fordulnak elő. Ezeket cisztitisznek is nevezik. Az alsó húgyutakat elárasztó baktériumok a legtöbb esetben a saját szervezetünkből származnak. Az E. coli - amely normál esetben a bélben él - a leggyakoribb, és megfertőzheti a húgyutakat, ha a húgycső ki van téve a székletből származó baktériumoknak.
Az erősen virulens baktériumok - ha nem kezelik a fertőzést - a húgyutakon keresztül átterjedhetnek az egyik vagy mindkét vesére, és felső húgyúti fertőzést okozhatnak. Ennek tünete lehet hátfájás, hányinger és láz. Ha ezt nem kezelik, akkor károsíthatja a vesét, vagy akár veseelégtelenséget is okozhat. Egyes esetekben a vesét érintő fertőzés a véráramba is bekerülhet és uroszepszist okozhat, amely azonnali intenzív ellátást igényel. Ha alsó vagy felső húgyúti fertőzést diagnosztizálnak, és ez kezelést igényel, az orvos dönti el, hogy milyen antibiotikumot és milyen adagot ír fel.
A tünetmentes baktériumürítés - más néven "barátságos" baktériumok a húgyutakban - ártalmatlan állapot, amelyet nem szabad antibiotikumokkal kezelni. Az ilyen baktériumok nem okoznak tüneteket, bár egyeseknél a vizelet kellemetlen szagúvá válhat.